Tartu Maarja Kool on munitsipaalkool, kus õpivad toimetuleku- ja hooldusõppe õpilased. Õppetöös kasutatakse ravi- pedagoogikat, mis on erivajadustega õpilastele kohandatud waldorf-pedagoogika.

Igale lapsele koostatakse eraldi individuaalne õppekava. Laps saab alustada lasteaiast, läbida põhikooli, taotleda kahte pikendatud õppeaastat õppimiseks nn käsitöökoolis ja võimalusel ühte lisa-aastat.  Lisa-aastad on vajalikud, et omandatud oskusi kinnistada ja neid rakendada pärast kooli lõpetamist tegeluskeskustes. MTÜ Tartu Maarja Tugikeskuses saavad õpilaskodus koolipäevadel elada kaugemalt tulnud õpilased.

Senistest lõpetajatest on suur hulk noori asunud elama vanemate initsiatiivil loodud Maarja Külla ning Peremajadesse.

Klassid moodustatakse samasse vanusegruppi kuuluvatest lastest. Klassiõpetaja on ühe ja sama klassiga võimaluse korral kõik üheksa õppeaastat.

Kooli aastarütmi tähistavad õpilaste ja õpetajate ühiselt korraldatavad peod, päevarütmi aga õpilaste poolt innuga omaks võetud ning edasi kujundatud rituaalsed toimingud koolipäeva alguses ja lõpus ning enne ja peale sööki.

Õpetaja tööd toetavad meistrid, abi- ja aineõpetajad, terapeudid, psühholoog, sotsiaaltöötaja, kooliarst, kooliõde ja rehabilitatsiooni-meeskond, pikapäevarühm ja tugikeskuse kasvatajad.

Meistrid püüavad anda oma oskusi edasi vaibakudumis-, keraamika- ja viltimiskojas ning aiandus- ja kodundustundides. Oluliseks õpilase arengu toetajaks on looduslikest materjalidest koolimaja, esteetiline ümbrus ja tervislik koolitoit.