Tartu Maarja Kooli juhtivateks organiteks on õppenõukogu ja kolleegium.
Õppenõukogu ülesandeks on tegeleda seadusest tulenevate otsuste vastuvõtmisega. Õppenõukogu liikmeteks on kooli juhtkond, kogu pedagoogiline personal, tugispetsialistid ja teised direktori poolt nimetatud isikud. Õppenõukogus toimub õppe- ja kasvatustegevuse analüüsimine ja hindamine ning õppe- ja kasvatusalaste otsuste tegemine vastavalt Haridus-ja teadusministri määrusele, „Kooli õppenõukogu ülesanded ja töökord.
Kolleegiumi ülesandeks on tegeleda otseselt seadusest mittetulenevate koolielu igapäevaste korralduslike küsimustega ja kooli töötajate enesearendamisega, kus kolleegid jagavad teadmisi läbitud kursustest, seminaridest, loengutest jne, ning kus toimuvad diskussioonid ja arutelud pedagoogilistel teemadel. Samuti tegeldakse ühiselt arendavate kunstiliste tegevustega. Kolleegiumi koosolek toimub üks kord nädalas. Kolleegium on avatud kõigile kooli töötajatele.